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12月下半月circRNA研究報道匯總
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-01-02 | 671 次瀏覽 | 分享到:

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刀塔自走棋段位花呗 www.zjrpd.icu 歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發布的circRNA文獻18篇,下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進展。

 

 

1、血管平滑肌細胞中富集的環狀RNA,circ_Lrp6海綿樣吸附miRNA-145的功能研究

文獻標題:Circ_Lrp6, a Circular RNA Enriched in Vascular Smooth Muscle Cells, Acts as a Sponge Regulating miRNA-145 Function.

期刊:Circ Res   影響因子:15.211

通訊作者單位:布雷西亞大學

 

microRNA(miRNA)通過抑制靶基因的翻譯來調節基因表達。以前的工作已經確立了miRNA在調節血管平滑肌細胞(VSMC)活性中的作用?;紛碦NA(circRNA)是否參與VSMC中miRNA活性的調節尚不清楚。本文的目的是研究識別VSMCs中富集的circRNAmiRNA相互作用以及調節細胞活性。

首先研究者通過RNA測序和生物信息學鑒定了幾種VSMC中高表達的circRNA;發現只有一個來源于脂蛋白受體6(Lrp6,在血管中高表達并與血管病變有關的基因)的可變剪接形成的circRNA具有多個miR-145的預測結合位點,circ_Lrp6在小鼠和人之間是高度保守的。通過RNA免疫沉淀,STED 顯微鏡和競爭性熒光素酶實驗測定circ_Lrp6與miR-145之間相互作用,證實了circ_Lrp6海綿樣吸附miR-145的作用;通過測量miR-145的靶基因ITGβ8,FASCIN,KLF4,Yes1和Lox的表達,發現這些靶基因優先定位于P-bodies和mRNA降解位點。通過功能缺失和功能獲得的方法,研究者發現circ_Lrp6阻斷了miR-145介導的VSMC遷移,增殖和分化的調節功能。miR-145和circ_Lrp6在鼠和人血管疾病中的差異表達表明, circ_Lrp6與miR145結合未結合的比率可能在血管疾病發病機制中起作用。circ_Lrp6 shRNA病毒可阻止小鼠頸動脈內膜增生。實驗表明circ_Lrp6是miR-145的細胞內調節劑和天然海綿,平衡了VSMC中miRNA的功能。

 

圖注:Figure1E圖表明circ-lrp6來源于Lrp6基因的4,5,6,7外顯子反向拼接成環;F圖展示了circ-Lrp6結合miR-145的三個結合位點。

 

圖注:Figure2E圖,通過RT-qPCR技術檢測circ_Lrp6在小鼠多種組織中的表達水平,bat:棕色脂肪組織,wat:白色脂肪組織;F圖,原位雜交實驗檢測circ_Lrp6在小鼠brain, heartaorta(主動脈)組織的表達分布。

 

 

2、circ-CTNNB1通過DDX3介導的YY1反式激活發揮順式樣作用促進β-catenin信號傳導和癌癥進展

文獻標題:Cis-acting circ-CTNNB1 promotes β-catenin signaling and cancer progression via DDX3-mediated

期刊:Cancer Res  影響因子:9.13

通訊作者單位:華中科技大學

 

circRNA在調節Wnt/β-連環蛋白信號傳導和癌癥進展中的功能和潛在機制仍然不甚明了。本研究中研究者篩選到由β-catenin(CTNNB1)基因產生的順式作用模式的circRNA,該circ-CTNNB1來自CTNNB1基因的10號內含子,在癌癥進展中發揮驅動作用。Circ-CTNNB1主要在細胞核中表達,在癌組織和癌細胞系中上調,并且與癌癥患者的不良預后相關。Circ-CTNNB1可激活β-catenin蛋白的活性,促進癌細胞生長,侵襲和轉移。Circ-CTNNB1結合DEAD-box多肽3(DDX3)以促進其與轉錄因子Yin Yang 1(YY1)的相互作用,導致YY1的反式激活并促進β-catenin蛋白激活和癌癥進展。該研究中Circ-CTNNB1過表達載體使用吉賽生物的pLCDH-ciR載體構建,具體文獻解讀可參考本公眾號歷史文章薦讀 | 揭秘 Cis-acting circ-CTNNB1調控β-catenin活化的機制

 

 

3、circNF1通過海綿樣吸附miR-16促進胃癌進展

文獻標題:Novel circular RNA NF1 acts as a molecular sponge, promoting gastric cancer by absorbing miR-16

期刊:Endocr Relat Cancer. 影響因子:5.331

通訊作者單位:約翰霍普金斯大學醫學院

該研究通過高通量測序技術從胃癌組織和細胞系中鑒定出75201circRNA分子。進一步驗證鎖定特定circNF1分子,研究表明circNF1GC組織和細胞系中上調。功能缺失和功能獲得性研究表明,circNF1可顯著促進胃癌細胞增殖。此外,熒光素酶報告基因測定顯示circNF1與miR-16結合,從而解除miR-16下游靶基因MAP7和AKT3的表達。靶向沉默或過表達circNF1對其宿主基因NF1的線性RNA的水平沒有影響。

 

 

 

圖注:從高通量測序數據中篩選特定circRNA進行后續研究的方法流程,篩選過程從RNAseq實驗數據出發,結合circBase數據庫和COSMIC癌癥基因列表將候選circRNA縮小到20個,從中隨機選擇10circRNA進行鑒定。

 

4、環狀RNA調節網絡揭示了急性髓性白血病髓外浸潤中的細胞間串擾

文獻標題:Circular RNA regulatory network reveals cell-cell crosstalk in acute myeloid leukemia extramedullary infiltration.

期刊:J Transl Med 影響因子:4.197

通訊作者單位:哈爾濱醫科大學附屬第一醫院

 

急性髓細胞白血病發生髓外臟器浸潤(EMI),指的是急性髓細胞發展為成肌細胞浸潤到骨髓以外的任何其他器官和組織。目前對EMI中的circRNA進行研究很少。本研究探索了EMI和非EMI急性髓細胞白血病中circRNA的差異表達變化。

通過全基因組和circRNA芯片技術檢測了8EMI和非EMI樣本中基因和circRNA表達情況,發現在AMI253circRNAs663個基因上調,259 circRNAs 838個基因下調,進一步通過生物信息學手段構建circRNA/miRNA/mRNA分子調控網絡,推測17EMI關鍵相關的circRNA分子,進一步結合TCGA數據庫分析了circRNA靶基因與AML的預后關系,本研究較好地結合現有大數據分析結果對自身數據進行推斷和佐證,值得借鑒。

 

 

圖注:與細胞-細胞crosstalk相關的circRNA進一步重疊以鑒定在EMI中充當“核心”的circRNA。17種circRNA具有調節所有4種過程的潛力,包括細胞遷移,細胞-細胞通訊,信號轉導和細胞粘附


圖注:結合TCGA數據分析17circRNA的靶基因LRRK1, PLXNB2, OLFML2A, LYPD5, APOL3, ZNF511, and ASB2AML預后不良,PAPLN and NRXN3預后較好。

 

 

參考文獻列表

 

序號

主要內容

論文標題

雜志

IF

單位

1

血管平滑肌細胞中富集的環狀RNACirc_Lrp6海綿樣吸附miRNA-145的功能研究

Circ_Lrp6, a Circular RNA Enriched in Vascular Smooth Muscle Cells, Acts as a Sponge Regulating miRNA-145 Function

Circ Res

15.211

布雷西亞大學

2

circ-CTNNB1通過DDX3介導的YY1反式激活發揮順式樣作用促進β-catenin信號傳導和癌癥進展

Cis-acting circ-CTNNB1 promotes β-catenin signaling and cancer progression via DDX3-mediated transactivation of YY1.

Cancer Res

9.13

華中科技大學

3

circ-NF1通過海綿樣吸附miR-16促進胃癌進展

Novel circular RNA NF1 acts as a molecular sponge, promoting gastric cancer by absorbing miR-16

Endocr Relat Cancer.

5.331

約翰霍普金斯大學醫學院

4

γ皰疹病毒circRNA譜的比較分析:保守和獨特的病毒circRNA

Comparative analysis of gammaherpesvirus circRNA repertoires: conserved and unique viral circRNAs.

J Virol

4.368

新奧爾良杜蘭癌癥中心

5

活動性結核患者外周血單個核細胞中環狀RNA的特征

Signature of circular RNAs in peripheral blood mononuclear cells from patients with active tuberculosis.

J Cell Mol Med

4.302

濰坊醫學院

6

環狀RNA調節網絡揭示了急性髓性白血病髓外浸潤中的細胞間crosstalk

Circular RNA regulatory network reveals cell-cell crosstalk in acute myeloid leukemia extramedullary infiltration.

J Transl Med

4.197

哈爾濱醫科大學附屬第一醫院

7

基于異構網絡的KATZ模型預測CircRNA-疾病關聯

Prediction of CircRNA-Disease Associations Using KATZ Model Based on Heterogeneous Networks.

Int J Biol Sci

4.057

陜西師范大學計算機科學學院

8

circFGFR3通過調節Galectin-1-AKT/ERK1/2信號傳導促進非小細胞肺癌的腫瘤進展

CircRNA fibroblast growth factor receptor 3 promotes tumor progression in non-small cell lung cancer by regulating Galectin-1-AKT/ERK1/2 signaling.

J Cell Physiol

3.923

南昌大學第二附屬醫院

9

環狀RNA hsa_circ_0000263通過調節miR-150-5p的靶基因參與宮頸癌的發展

Circular RNA hsa_circ_0000263 participates in cervical cancer development by regulating target gene of miR-150-5p.

J Cell Physiol

3.923

湖北省婦幼保健院

10

惡性胸腔積液中微陣列表達譜及環狀RNA調控網絡分析

Microarray Expression Profile and Analysis of Circular RNA Regulatory Network in Malignant Pleural Effusion.

Cell Cycle

3.304

首都醫科大學

11

poly(I:C)攻擊下文昌魚關鍵抗病毒免疫途徑中環狀RNA的鑒定及其表達的改變

Identification of circular RNAs and their altered expression under poly(I:C) challenge in key antiviral immune pathways in amphioxus.

Fish Shellfish Immunol

3.185

昆明理工大學

12

環狀RNA circ_0008450的表達升高可預測肝細胞癌的預后不良,并通過海綿樣吸附miR-548p調節細胞增殖,凋亡和侵襲

Elevated expression of circular RNA circ_0008450 predicts dismal prognosis in hepatocellular carcinoma and regulates cell proliferation, apoptosis, and invasion via sponging miR-548p.

J Cell Biochem

2.959

河南省人民醫院

13

在潛在的人巨細胞病毒感染中的差異circRNA表達譜及臨床樣品的驗證

Differential circRNA expression profiles in latent human cytomegalovirus infection and validation using clinical samples

Physiol Genomics.

2.782

溫州醫科大學

14

circRNAs和RNA結合蛋白的相互作用:circRNA維持功能的重要組成部分

The interaction of circRNAs and RNA binding proteins: An important part of circRNA maintenance and function

J Neurosci Res.

2.662

暨南大學臨床神經科學研究所

15

環狀RNA ciRS-7與疾病進展和預后不良相關,其下調抑制細胞增殖,同時誘導非小細胞肺癌細胞凋亡。

Circular RNA ciRS-7 correlates with advance disease and poor prognosis, and its down-regulation inhibits cells proliferation while induces cells apoptosis in non-small cell lung cancer.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.387

上海市胸科醫院

16

小鼠神經干細胞分化過程中的環狀RNA表達譜

Circular RNA expression profiles during the differentiation of mouse neural stem cells.

BMC Syst Biol

2.05

南京醫科大學附屬第一醫院

17

基因芯片和生物信息學分析卵巢子宮內膜異位癥中環狀RNA的表達譜

Expression Profile Analysis of Circular RNAs in Ovarian Endometriosis by Microarray and Bioinformatics.

Med Sci Monit

1.894

中南大學湘雅二醫院

18

持續性心房顫動的風濕性心臟病患者中環狀RNA表達譜

Circular RNA expression profiles of persistent atrial fibrillation in patients with rheumatic heart disease.

Anatol J Cardiol

1.271

西京醫院