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RNA sequencing
FFPE降解RNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 4275 次瀏覽 | 分享到:

福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,FFPE)的組織樣品廣泛保存在世界各地的醫院及組織樣品庫中,是用于疾病診斷和科學研究的最為常見的生物學資源之一。然而,在FFPE組織標本的制備和貯存過程中,組織經福爾馬林固定、石蠟包埋后很容易引起RNA的交聯和降解,科研人員很難獲得足量高質量的RNA樣本。

吉賽生物擁有強大的專業技術團隊,豐富的核酸抽提經驗,能夠獲得滿足后續建庫需求的RNA樣品。

 

技術路線

 

樣本要求

樣品類型:FFPE樣品

樣品固定:組織樣本切成小塊后,一個小時內固定,固定時間約24h,不宜過長。

? 樣品保存:無切面存儲,避免氧氣、水及其他環境因素的影響,4℃保存。

樣品量:10 μm切片8-10片。

樣品運輸:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷凍運輸。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb clean data

 

生物信息分析內容

基礎分析  

原始數據質控檢查

比對結果質控檢查

基于基因表達的樣品主成分分析

差異基因表達及相關通路富集分析

5 circRNA預測及鑒定

6 circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的通路富集分析

差異circRNA的靶向miRNA預測分析

長鏈非編碼RNA差異分析

 

高級分析 

10 基于基因表達的通路活性分析

11 轉錄調控活性分析及通路互作分析

12 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

13 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖


高通量測序?