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DNA sequencing
16s rDNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 6039 次瀏覽 | 分享到:



        16S rDNA
是原核生物編碼16S rRNA的基因,長度約為1500bp,由10個保守區和9個可變區(V1-V9)組成,可變區反映了物種間的差異性。16S rDNA-seq是通過提取微生物菌群的DNA,選擇可變區的特定區段(V3-V4)進行PCR擴增,再通過高通量測序的方法,幫助研究人員分析特定環境中微生物群體基因組成及功能、微生物群體的多樣性與豐度,進而分析微生物與環境、微生物與宿主之間的關系,發現具有特定功能的基因。在醫學領域,主要應用于腸道微生物與疾病的關聯分析,揭示疾病與健康個體間微生物的差異,研究藥物或飲食干擾后菌群差異,或某一病程發展過程中腸道菌群的變化,如結直腸癌等。

 

技術路線

  


樣品要求

樣品類型:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品。

物種常見有參微生物(詳詢技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式PE250

測序數據量 0.05M clean reads

 

生物信息分析內容

基礎分析  

1 原始數據處理及統計;

2 可變區域驗證;

3 操作分類單元(OTU)聚類及分析;

4 單樣本物種分類及豐度分析;

5 多樣品物種豐度分析;

6 Alpha多樣性分析;

7 Beta多樣性分析;

 

高級分析 

8 樣品差異主要因子分析;

9 組間顯著性差異分析;

10 系統進化樹構建;


高通量測序附錄

高通量測序?