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生物信息分析服務
個性化分析及繪圖
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-03-12 | 667 次瀏覽 | 分享到:
WGCNA分析
        加權基因共表達網絡分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關聯模式的系統生物學方法,可以用來鑒定高度協同變化的基因集, 并根據基因集的內連性和基因集與表型之間的關聯鑒定候補生物標記基因或治療靶點。
        相比于只關注差異表達的基因,WGCNA利用數千或近萬個變化最大的基因或全部基因的信息識別感興趣的基因集,并與表型進行顯著性關聯分析。一是充分利用了信息,二是把數千個基因與表型的關聯轉換為數個基因集與表型的關聯,免去了多重假設檢驗校正的問題。WGCNA分析適用于多樣品數據模式,一般要求樣本數多于15個。樣本數多于20時效果更好,樣本越多,結果越穩定。


不同組間鑒定的差異表達基因(DEGs)的加權基因共表達網絡分析(WGCNA)[5]

GSEA分析
        不同于通常的GO/KEGG常規基因富集分析方法,GSEA是新一代基因富集分析方法,根據一組基因的整體表達趨勢來看該組基因參與的功能,避免人為設定差異閾值遺漏一些真正有生物學意義的通路。
GSEA基因集富集分析發現組間差異基因跟系統系免疫相關[6]

circos繪圖
        circso 圖能夠對染色體上的數據進行可視化,可結合各種基因組特征(如SNP / CNV密度、疾病易感性位點、基因表達差異),以多樣化的形式展示這些特征在染色體區域上的分布,形象、直觀、優美。
Circos展示基因突變,差異表達及甲基化修飾等多維全基因組信息

IPA分析結果
        IPA(Ingenuity PathwayAnaylsis)數據分析系統可以對興趣基因集(差異基因)實現更可靠 的分析。IPA中各個分子互作,功能注釋??槎加勺醫斜嘁?,來源于文獻,是非??煽康?生物學大規模關系型數據庫,全面涵蓋了蛋白質、基因、復合物、細胞、組織、藥物、通路和 疾病信息,收錄信息達600萬條,并且每周實時更新,是分析基因功能的一把利器,目前使用 IPA處理數據發表文獻超過2萬篇。IPA不僅可以將目標基因進功能富集分類,還可以預測上 下游調控關系,并根據下游基因表達狀態預測上游調控因子是被激活還是被抑制。
IPA數據庫分析APE1相互作用蛋白質網絡圖[7]
參考文獻
1、Vicens Q, Westhof E. Biogenesis of Circular RNAs[J]. Cell, 2014, 159(1):13-14.
2、Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, et al. Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges[J]. Nature, 2013, 495(7441):384-388.
3、Kristensen LS, Hansen TB, MT Ven, et al. Circular RNAs in cancer: opportunities and challenges in the field:[J]. Oncogene, 2018, 37(5):555-565.
4、Xiang L, Li Y, Ling-Ling C. The Biogenesis, Functions, and Challenges of Circular RNAs[J]. Molecular Cell, 2018:S1097276518305094.
5、El-Sharkawy I, Liang D, Xu K. Transcriptome analysis of an apple (Malus×domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anthocyanin and epigenetic regulation[J]. Journal of Experimental Botany, 2015, 66(22):7359-7376.
6、Lagraoui M, Latoche JR, Cartwright NG, et al. Controlled Cortical Impact and Craniotomy Induce Strikingly Similar Profiles of Inflammatory Gene Expression, but with Distinct Kinetics[J]. Frontiers in Neurology, 2012, 3.
7、Antoniali G, Serra F, Lirussi L, et al. Mammalian APE1 controls miRNA processing and its interactome is linked to cancer RNA metabolism[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):797.

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